Fue creada en fecha 23 de noviembre de 1998, mediante resolución 071/98 del Honorable Consejo Universitario.

La creación de la Carrera de Medicina, posterior, Facultad de Ciencias de la Salud en la UTO, obedece a la necesidad de diversificación académica en el nuevo contexto de la realidad nacional y regional, cuyo antecedente primigenio se remite a una de las sesiones del Honorable Consejo Universitario (H.C.U.), realizado en octubre de 1998, propuesta por el entonces vicerrector Lic. Raúl Arias Murillo, acorde con el Plan Integral de Desarrollo, en la gestión del Ing. Rubén Medinaceli Ortiz, como rector de la UTO, se emite una resolución expresa creando la Carrera de Medicina en la Universidad Técnica de Oruro (Res. H.C.U. N° 71/98 del 23 de noviembre de 1998), ratificada en la IV Reunión Académica Nacional (RAN), convocada por el CEUB, (2 al 4 de febrero de 1999), en la Universidad Autónomo Tomas Frías (UATF), de la ciudad de Potosí.

Se inauguran formalmente las actividades de la nueva Carrera académica el 17 de marzo de 1999, en presencia de autoridades departamentales, decanos, docentes y los primeros 200 alumnos, en los predios del «Edificio San Agustín I» (ex Hospital San José).

El primer director de la Carrera de Medicina fue el Dr. Armando Viaña Rivera, acompañado de los docentes, distinguidos profesionales Dr. Gustavo Vega Dávila, Dr. Oscar Ayala López, Dr. Néstor Morales Mendoza, Dr. Vicente Becerra G, Dra. Gladys Cerezo Silvestre (x), Dr. Wiler Vega Rioja, Dr. Oscar Rodrigo Balladares, Dr. Juan Ugarte Arce, Dr. Alberto A. Cáceres Pereira y Dr. Iván López Soto.